Justo a las 08:15 de la mañana del día 9 de junio de 1989, cuando salía de su residencia en la calle y colonia La Mascota para iniciar sus labores como ministro de la Presidencia, varios individuos, portando fusiles Galil y AK-47, descargaron su mensaje de muerte en el ministro de la presidencia de la República Antonio Rodríguez Porth, y lo asesinó, fría y calculadamente junto a tres de sus empleados. Los asesinos pertenecían a una asociación campesina, ANTA, fachada del FMLN.
Junto al Dr. Rodríguez Porth fueron asesinados su motorista Juan Gilberto Clará y el guarda espalda Benjamín Pérez quienes murieron en el acto. Rodríguez Porth fue llevado al hospital Zaldívar pero fue inútil: falleció a los pocos minutos.
Además de abogado y político, Rodríguez Porth era un analista de temas socio políticos con los que combatía férreamente a los comunistas. Fue acérrimo crítico de la Teología de la Liberación.
Entre sus últimos escritos destacan los artículos “Las homilías revolucionarias” en el que hacía un profundo análisis sobre la penetración del marxismo en la iglesia católica. Otro artículo de Rodríguez Porth cuyo impacto caló profundamente entre los terroristas de izquierda, fue el que tituló “La propaganda totalitaria”, publicado en El Diario de Hoy del 11 de julio de 1985 en el que condenaba la forma “goebelista” en el manejo de la propagada del Estado tal como ocurre en la actualidad.
Coincidente con el 28 aniversario de su asesinato, el Dr. Antonio Rodríguez Porth ha de haber estado observando, desde donde sea que esté, cómo hombres enmascarados impedían a su hija Lourdes de Flores y sus nietos, entrar a una de las propiedades que en vida les traspasó su consuegro, Ulises Flores, disputándole el dominio que legítimamente les pertenece. Desde ahí Tono, “El león dorado”, ha de haber escuchado el clamor de su hija: ! Hasta cuándo va a terminar la sed de venganza!